Essa igreja, embora seja um santuário canonicamente independente, é uma espécie de capela anexa ao Santuário do Bom Jesus, na cidade de Itu-SP.

No ano de 1871, passou a existir nesse santuário um núcleo do Apostolado da Oração – movimento de devotos originado num colégio jesuíta de Vals, perto de Le Puy-en-Velay, na França, em 1844.

Em 1896, a Igreja do Bom Jesus, já centenária, recebeu variadas modificações estilísticas impulsionadas pelo Padre Bartolomeu Tadei e pelo arquiteto Louis Marins Amirat. A principal alteração foi uma reforma na fachada, que fez com ela passasse a ter o estilo neoclássico inspirado na Basílica de São João de Latrão em Roma.

Aproveitando-se do mesmo impulso que promoveu essa reestilização, o Padre Tadei iniciou, a partir de 1904, a edificação de um templo especificamente destinado às atividades do Apostolado da Oração.

Assim, com entrada a partir de um corredor lateral do santuário do Bom Jesus, foi edificada uma pequena igreja, em estilo neoclássico – ou ‘neo-romano’ -, que se tornou posteriormente o Santuário Nacional do Coração de Jesus.